České hnědouhelné elektrárny dnes pracují s celkovou účinností kolem 30 %. Moderní uhelné technologie však již dnes dovolují dosáhnout čistou účinnost 43 % a více. Účinnost zdrojů přitom patří mezi zásadní kritéria tzv. nejlepších dostupných technologií (BAT – Best Available Techniques) v kategorii velkých spalovacích zdrojů. Instalace spalovacího zařízení splňujících kritéria BAT je zásadní podmínkou získání integrovaného povolení nutného ke stavbě podle zákona č. 76/2002 Sb., o integrované prevenci.
Podle referenčních dokumentů (BREF) k aplikování BAT pro pro velká spalovací zařízení (tj. pro elektrárny s výkonem nad 50 MW), které vydává Evropská komise, je energetická účinnost nejdůležitějším kritériem celého projektu. Pro „nová zařízení“ využívající uhlí je podle typu kotle stanovena čistá účinnost 42-45%. Pro „stávající zařízení“ se jako indikační hladina pro BAT předpokládá 36-40% či se může u stávajících zařízení považovat za BAT zlepšování o více než 3 %.
Každé jedno procento dosažené na zvýšení účinnosti znamená významné snížení spotřeby uhlí a současně podstatnou redukci emisí oxidu uhličitého, jichž je elektrárna Prunéřov II největším průmyslovým zdrojem v České republice.
ČEZ v případě Prunéřova prosazuje technologii, která parametry BAT nesplňuje, „zmodernizovaná“ elektrárna má mít totiž podle plánu ČEZu pouze cca 38% čistou energetickou účinnost. Efektivita, s jakou elektrárna přeměňuje uhlí na energii, by ale měla dosahovat nejméně 42 %.
Rozdíl je nezanedbatelný i podle vyjádření České informační agentury životního prostředí - CENIA k záměru komplexní obnovy Prunéřova II. "Investiční náklady jsou vyšší o 10 – 20 %, ale jsou vykompenzované menším množstvím spáleného uhlí a tím i lepší ekonomikou bloku. Emise do ovzduší budou výrazně sníženy. Například v případě Tepelné elektrárny v Hemweg došlo ke snížení: CO2 o 17 %, NOx o 62 %, SO2 o 17 %, při 18 % úspoře paliva."
Pro zajímavost, prunéřovské elektrárny (Prunéřov II a starší elektrárna Prunéřov I) vypustí za rok do ovzduší tolik emisí oxidu uhličitého jako všechna osobní auta v České republice dohromady! Použití nejlepší dostupné technologie by snížilo emise oxidu uhličitého každoročně o dalších více než 300 000 tun.